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L'église de Saint-Saphorin, avec son clocher caractéristique, a une longue histoire. Cette dernière est connue en partie grâce aux fouilles effectuées entre 1968 et 1969, ainsi que par les investigations entreprises en 1984, 1985 et 1991. Une partie des vestiges des premiers bâtiments sont actuellement visibles dans une petite crypte archéologique, aménagée sous la nef de l'église actuelle et accessible par un escalier depuis l'intérieur de cette dernière.

Au premier siècle de notre ère, un bâtiment de forme rectangulaire, est construit en maçonnerie. Il est composé de deux locaux parallèles, dont il reste plusieurs murs et et des fragments de sols maçonnés. Par la suite, un troisième local est aménagé à l'ouest du local nord. La fonction de cet établissement romain n'est pas assurée à cause du peu de témoignages permettant son interprétation. Il est possible qu'il s'agissait d'une villa ou d'une mansio (relais routier).

Entre le IVe et le Ve siècle, le bâtiment subit plusieurs transformations (extension au nord, aménagement d'un couloir transversal surbaissé dans l'ancien local nord), et devient un mausolée chrétien. Entre le VIe et le VIIe siècle, un escalier est construit pour accéder au couloir transversal (le premier accès se faisait depuis le local sud, plus bas que le local nord), ainsi qu'une extension à l'ouest, qui semble être un portique continuant le long du côté nord du mausolée. Ce dernier devient une memoria (édifice funéraire commémoratif).

Au VIIe siècle, une abside semi-circulaire est construite sur le côté est de l'ancien local nord, et à cette occasion, le bâtiment devient une église. Plusieurs tombes sont creusées dans le sol du local nord (qui devient la nef de cette église) et dans le portique nord. Trois chapiteaux sculptés retrouvés lors des fouilles et datés du 7ème siècle sont attribués à cette première église.

Cette église subit quelques transformations (déplacement du mur de façade ouest, construction d'un clocher au sud-ouest) avant sa démolition complète au XVIe siècle et la construction de l'église actuelle en 1520. La nouvelle église, de style gothique, reprend l'orientation de la précédente, et est légèrement plus grande en surface. Elle est composée de trois nefs, et son clocher est construit au nord-ouest.

A part la crypte archéologique, d'autres vestiges romains sont visibles dans l'église. Un miliaire, portant une inscription dédiée à l'empereur Claude et daté de 47 après J.-C., est actuellement utilisé comme pilier pour soutenir la première travée. Il a été découvert sur le territoire du village, et il est l'un des plus anciens miliaires retrouvés en Suisse. Une autre inscription visible est l'autel dédié à la déesse Fortuna Redux, découvert lors de travaux dans l'église en 1819. Probablement réutilisé lors de la construction de la première église, il témoigne de la présence d'un sanctuaire romain dans la région.

Coordonnées nationales: 550'659, 147'097

OpenStreetMap: http://www.openstreetmap.org/way/359226131